马家窑遗址虽发现较早，但以其命名却是20世纪40年代的事。对马家窑文化的命名，以及是否将半山、马厂类型包括在内，考古界曾有过许多争议，到目前为止意见还没有完全统一。最早对马家窑遗址进行调查发掘的安特生，将临洮的马家窑遗存和广河的半山遗存合称为仰韶期或仰韶文化，为了与河南、陕西的仰韶文化相区别，也称之为甘肃仰韶文化。1944年-1945年夏鼐先生到甘肃进行考古工作，为了确定马家窑期与寺洼期墓葬的关系，发掘了临洮寺洼山遗址，认识到所谓甘肃仰韶文化与河南仰韶文化有颇多不同，认为应将临洮的马家窑遗址作为代表，另定名称，称之为马家窑期或马家窑文化。
马家窑文化，主要分布在甘肃中南部地区，以陇西黄土高原为中心，东起渭河上游，西到河西走廊和青海省东北部，北达宁夏自治区南部，南抵四川省北部。分布区内主要河流为黄河及其支流洮-河、大夏河、湟水等。马家窑类型主要分布在甘肃中南部和青海东北部、宁夏南部地区的泾、渭水上游，以及白龙江、湟水、洮河、庄浪河和清水河流域。半山类型分布范围基本与马家窑类型相同，但已逐渐西移。马厂类型的分布则更为向西。